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PlasmidCGRBrowser

URL : https://github.com/haradama/PlasmidCGRBrowser
ライセンス : CC0
プラスミドは細菌などが染色体以外に有するDNA分子の総称であり，細菌から細菌へと伝搬する性質を持つため細菌の病原性や薬剤耐性の獲得に関与しているとされています．そのためプラスミドについて理解することは微生物群集を理解する上で重要な意義を持ちます．私は微生物群衆のゲノムデータであるメタゲノムの中からプラスミドのゲノムデータを検出するツールの開発を行い，それを自身の大学での卒業論文としてまとめようと考えています．しかし現状，プラスミドに関するデータベースは乏しいと言わざるを得ません．そこで私は自分の卒業論文の執筆の補助ツールとしてプラスミドとその宿主である細菌のゲノムデータをゲノム配列の可視化手法の一種であるChaos Game Representation (CGR)を用いて可視化し用意に比較できるようにするPlasmidCGRBrowserを作成しました
更新: 2018年10月1日

論文 詳細
Studying plasmid horizontal transfer in situ: a critical review.
Sørensen, Søren J., et al.
Nature Reviews Microbiology, 3(9), 700. (2005)
https://www.nature.com/articles/nrmicro1232
更新: 2018年10月1日 (Masafumi Harada)
論文 詳細
Chaos game representation of gene structure. Nucleic acids research
Jeffrey, H. Joel
Nucleic acids research, 18(8), 2163-2170. (1990)
https://academic.oup.com/nar/article/18/8/2163/2383530
更新: 2018年10月1日 (Masafumi Harada)

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